精準(zhǔn)醫(yī)療將腫瘤基因分型與靶向治療相結(jié)合用于肺癌的治療,改變了肺癌臨床治療的格局。EGFR、ALK、ROS1(EAR)是肺癌靶向治療的重要靶點(diǎn),EAR基因同步檢測(cè)已被歐洲ESMO、中國肺癌診療專家共識(shí)等推薦,是讓患者從肺癌精準(zhǔn)醫(yī)療中獲益的有效策略(EAR同步檢測(cè)的臨床意義詳見http://news.bioon.com/article/6679926.html)。目前應(yīng)用于腫瘤基因分型檢測(cè)的技術(shù)眾多,包括實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)、測(cè)序、數(shù)字PCR(ddPCR)、基因芯片、熒光原位雜交(FISH)等。而可用于EAR基因同步檢測(cè)的高通量檢測(cè)技術(shù)主要有測(cè)序、基因芯片、qPCR等。
Sanger測(cè)序作為早期的測(cè)序技術(shù),依然是基因檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn),但是由于其檢測(cè)靈敏度低,操作復(fù)雜,成本高等問題,限制了其臨床應(yīng)用。NGS技術(shù)的出現(xiàn)使測(cè)序成本大大降低,檢測(cè)靈敏度和通量有所提高,且“精準(zhǔn)醫(yī)療”計(jì)劃的提出也使得NGS技術(shù)受到行業(yè)各界的追捧,已成為目前醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中較為火熱的研究技術(shù)。在高通量測(cè)序方面,CFDA先后批準(zhǔn)了幾款應(yīng)用于NIPT的測(cè)序儀和檢測(cè)試劑,但是在腫瘤檢測(cè)方面,由于NGS應(yīng)用于腫瘤細(xì)胞突變檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn)化和質(zhì)量控制尚未形成共識(shí),目前還沒有高通量測(cè)序儀和高通量檢測(cè)試劑盒獲批,僅允許臨床試點(diǎn)單位以自制試劑(LDTs)的形式開展檢測(cè)服務(wù),可見,國家對(duì)于其臨床的廣泛應(yīng)用仍持保留態(tài)度。此外,高通量測(cè)序在成本效益上適合于開發(fā)同時(shí)檢測(cè)多目標(biāo)基因panel(幾十上百個(gè)基因或靶點(diǎn))產(chǎn)品,但因?yàn)橛行┪稽c(diǎn)突變率很低,很難找到足夠的病人開展臨床試驗(yàn),并且檢測(cè)結(jié)果也無法去驗(yàn)證,從長遠(yuǎn)來看,此類產(chǎn)品很難以獲批,只能以自制試劑(LDTs)的形式在臨檢實(shí)驗(yàn)室使用,短期內(nèi)還難以實(shí)現(xiàn)臨床的廣泛應(yīng)用。
基因芯片技術(shù)是在高通量測(cè)序技術(shù)出現(xiàn)之前被廣泛用于多基因檢測(cè)的技術(shù)。在腫瘤診斷領(lǐng)域,基因芯片技術(shù)通過對(duì)腫瘤基因表達(dá)譜分析,組成腫瘤基因診斷芯片,研究腫瘤基因的功能,既可用于腫瘤普查又能達(dá)到早期診斷和早期治療的目的。但其要成為臨床診斷和治療腫瘤普遍采用的技術(shù)仍有一些關(guān)鍵問題需要解決,如操作繁瑣、成本高和檢測(cè)時(shí)間長、易出現(xiàn)假陽性,且檢測(cè)結(jié)果往往還需要測(cè)序或定量PCR進(jìn)行驗(yàn)證等等。
相比之下,經(jīng)典的qPCR技術(shù)具備操作簡(jiǎn)便、靈敏度高、特異性好、結(jié)果判讀簡(jiǎn)單等優(yōu)勢(shì),已成為臨床廣泛應(yīng)用的檢測(cè)方法。在檢測(cè)通量上,一般認(rèn)為qPCR技術(shù)受熒光染料種類限制,不適合多基因檢測(cè)。然而隨著多重?zé)晒釶CR技術(shù)的發(fā)展、一些創(chuàng)新性的探針和引物設(shè)計(jì)技術(shù)的出現(xiàn),qPCR平臺(tái)已經(jīng)克服了通量瓶頸。在腫瘤靶向用藥檢測(cè)領(lǐng)域,已有創(chuàng)新性的多種基因聯(lián)合檢測(cè)的產(chǎn)品上市,代表性產(chǎn)品有:人類KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF基因突變聯(lián)合檢測(cè)試劑盒、人類ALK基因融合和ROS1基因融合聯(lián)合檢測(cè)試劑盒等。因此qPCR法是目前較易于臨床推廣的可用于EAR同步檢測(cè)的檢驗(yàn)方法。
目前,qPCR平臺(tái)技術(shù)又包括ARMS(艾德、凱杰)、HRM(為真)、Taqman(羅氏)等技術(shù),主要差別為特異性、靈敏度,其中臨床廣泛應(yīng)用的依然是ARMS技術(shù)。根據(jù)2015年EMQN室間質(zhì)評(píng)調(diào)查數(shù)據(jù)(表1)可知,以ARMS技術(shù)開發(fā)的AmoyDx和Qiagen的商業(yè)化試劑盒產(chǎn)品在臨床上的使用率很高,占比高達(dá)43.81%。
表1 2015 EMQN室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)中使用方法比率
在肺癌精準(zhǔn)醫(yī)療的用藥檢測(cè)上,CFDA批準(zhǔn)的肺癌臨床用藥檢驗(yàn)產(chǎn)品有數(shù)十個(gè)(表2)。從技術(shù)上來看,qPCR技術(shù)依然是臨床應(yīng)用的主流技術(shù),該技術(shù)下獲批的肺癌臨床用藥檢測(cè)產(chǎn)品很多,覆蓋了肺癌目前已獲批上市的靶向藥物的所有靶點(diǎn),并且已有基于ARMS技術(shù)的EAR三基因聯(lián)合檢測(cè)產(chǎn)品上市。
表2 CFDA獲批的的肺癌EGFR、ALK、ROS1基因突變檢測(cè)產(chǎn)品
從臨床實(shí)際應(yīng)用角度出發(fā),目前已發(fā)現(xiàn)的肺癌相關(guān)驅(qū)動(dòng)性基因有十多個(gè),并還不斷的有新的靶點(diǎn)被發(fā)現(xiàn)出來。各大醫(yī)藥企業(yè)紛紛布局臨床研究,針對(duì)這些靶點(diǎn)開發(fā)新的靶向藥物。相信隨著肺癌新靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)和新靶向藥物的研發(fā),高通量檢測(cè)更多靶點(diǎn)的技術(shù)將更有利于肺癌精準(zhǔn)醫(yī)療決策的制定。我們期待高通量測(cè)序技術(shù)能解決臨床應(yīng)用相關(guān)問題、監(jiān)管機(jī)構(gòu)能通過政策改革,推動(dòng)LDTs的臨床應(yīng)用規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)。同時(shí),也期待有越來越多機(jī)構(gòu)通過技術(shù)創(chuàng)新,在適合于臨床應(yīng)用的技術(shù)平臺(tái)上,如qPCR技術(shù)平臺(tái),開發(fā)出同時(shí)檢測(cè)更多靶點(diǎn)的檢測(cè)產(chǎn)品,協(xié)助臨床制定優(yōu)異治療方案,為患者節(jié)省寶貴時(shí)間。
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